通常、パーマリンクを変更した場合は、wordpressディレクトリ（フォルダ）の中の、書き込みを許可（606 or 666）していれば、htaccessファイルが自動的に書き込みになるはずです。しかし、何度トライしてもリンク切れになってしまいました。

もしかすると、wordpress2.6.2のバグかと疑ってしまいましたが、それにしてもおかしい・・・。
それで、サーバーのhttpd.confの設定を再確認してみました。（以下、覚書です）

まず、htaccessファイルの書き込みを許可するには、AllowOverride All　となっていれば良いのですが、ちゃんとなっています。しかし、その上部にある部分がnoneになっていました。

<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride none
</Directory>

これを、以下のようににして書き込み保存。

<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride All　⇒この部分
</Directory>

その上で再度、パーマリンクのカスタム変更を試したところ、見事リンク切れ解消です。

本来、は以下の部分を変更しているだけで良かったと思っていたのですが、なんとも歯切れの悪い解決となってしまいました。まあ、直ったので、めでたしですね・・・。＾＾

# AllowOverride controls what directives may be placed in .htaccess files.
# It can be “All”, “None”, or any combination of the keywords:
#   Options FileInfo AuthConfig Limit
#
AllowOverride Aｌｌ

サーバー構築時には、htaccess　の書込みテストをして確認済みでしたが、良く考えると、管理者権限での書き込みは成功したけれども、一般ユーザーでのテストを行っていなかったのが原因のようです。